Właściwy minister albo inny organ administracji publicznej, odpowiedzialny za przygotowanie i nadzorowanie realizacji programu. W programach krajowych funkcję Instytucji Zarządzającej pełni Ministerstwo Infrastruktury i Rozwoju, a w programach regionalnych Zarządy Województw.

W Regionalnym Programie Operacyjnym Województwa Opolskiego funkcję IZ pełni Zarząd Województwa Opolskiego.