Odpowiada za weryfikację zgodności systemów zarządzania programami z prawem krajowym i wspólnotowym oraz analizę, czy systemy te funkcjonują prawidłowo. Dla wszystkich programów operacyjnych funkcje Instytucji Audytowej pełni Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej w Ministerstwie Finansów. W przypadku RPO część funkcji IA jest delegowanych do urzędów kontroli skarbowej w województwach.